Les nappes du Pliocène sont des nappes profondes et naturellement isolées de la surface. Malgré ces protections naturelles, des problèmes quantitatifs et qualitatifs existent.
Les nappes du Pliocène constituent des nappes « profondes » : elles peuvent atteindre 200 m de profondeur. Sur la majorité du territoire, elles sont recouvertes par les alluvions quaternaires.
Excepté à leur base où les niveaux sableux peuvent être épais, les nappes du Pliocène se présentent sur leur épaisseur comme une multitude de lentilles sableuses, gorgées d’eau, et plus ou moins connectées entre elles. Elles sont noyées dans une matrice argileuse peu perméable. Le toit argileux du Pliocène rend ces nappes captives et les isole donc de la surface et des nappes quaternaires.
Cet aspect captif explique qu’autrefois les forages dans le Pliocène étaient très souvent jaillissants, notamment en Salanque et en Illibéris.
Ce phénomène a aujourd’hui quasiment disparu du fait des importants prélèvements réalisés. Localement, il est cependant encore possible d’observer ce phénomène, essentiellement en période hivernale.
Isolées de la surface, l’infiltration des eaux de pluie n’est pas suffisante pour alimenter ces nappes profondes. D’autres types d’alimentation existent :
Ces nappes s’écoulent d’Ouest en Est, en direction de la Méditerranée qui constitue son exutoire naturel. Les liens entre nappes et Méditerranée sont cependant mal connus. Il convient donc d’être prudent pour éviter une éventuelle intrusion saline (cf. autres ressources).
Naturellement isolées de la surface par d’importantes épaisseurs d’argile, les nappes du Pliocène sont à priori bien protégées. Fortement sollicitées depuis les années 60, le niveau d’eau de ces nappes a cependant baissé et des problèmes qualitatifs sont apparus.