L’eau souterraine du Roussillon est naturellement d’excellente qualité, et souvent potable sans traitement. Néanmoins, des pollutions ponctuelles ont été détectées, et nécessitent une action collective pour restaurer la bonne la qualité des nappes.
L’eau des nappes du Roussillon, filtrée par les sables du sous-sol, est naturellement d’excellente qualité. La présence d’une eau de cette qualité en Méditerranée est une chance, d’autant plus qu’elle a de nombreux avantages comparée aux eaux superficielles : disponibilité partout, meilleure qualité, moins de traitements nécessaires donc coûts d’exploitation réduits, meilleure recharge hivernale, peu d’impact sur les milieux aquatiques.
L’aquifère profond du Pliocène est généralement de meilleure qualité que les nappes quaternaires, car il est protégé de la surface par d’épaisses séries argileuses. Les eaux plus superficielles des nappes quaternaires sont moins protégées, donc potentiellement plus vulnérables aux pollutions.
Malgré cette bonne qualité globale, le réseau de suivi de la qualité a permis de détecter trois types de polluants dans les nappes quaternaires et pliocènes :
Les concentrations retrouvées ne dépassent qu’assez rarement les normes de qualité, mais soulignent que des nappes que l’on croyait naturellement bien protégées peuvent être polluées.
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A l’état naturel, les nappes pliocènes sont protégées par une couche d’argile imperméable. Toutefois, l’existence de nombreux forages mal réalisés, abandonnés ou captant plusieurs niveaux de nappes fragilisent la ressource : ces ouvrages sont des vecteurs de pollution de la surface vers les nappes pliocènes.
Un autre phénomène accentue les pollutions : l’inversion de drainance. Il existe des échanges entre nappes quaternaires et pliocènes, dans un sens ou dans l’autre selon les secteurs (ce qu’on appelle « la drainance »). Sur le littoral, l’échange se fait des nappes pliocènes vers les nappes quaternaires, car les nappes profondes sont sous pression. Les nappes pliocènes sont donc naturellement protégées des pollutions.
Toutefois, lorsque les prélèvements sont importants sur les nappes pliocènes, en été notamment, le sens de la drainance s’inverse : l’eau circule désormais des nappes quaternaires vers les nappes pliocènes. Il y a alors risque de pollution des nappes profondes. C’est ce phénomène qui entraîne notamment la pollution des nappes profondes par les chlorures (sel).